Diagnostyka FAS jest trudna, ponieważ obecnie brak jest obiektywnego badania biochemicznego mogącego potwierdzić lub wkluczyć diagnozę FAS. Proces diagnostyczny wymaga udziału wielospecjalistycznego zespołu, w skład którego powinni wchodzić lekarze różnych specjalności, a także psycholog, neurologopeda, terapeuta, czy asystent rodziny. Dziecko z FAS może cierpieć na opóźnienia rozwojowe.