W procesie multidyscyplinarnego leczenia pacjentów z zaburzeniami w obrębie układu stomatognatycznego rola terapii miofunkcjonalnej jest kluczowa. Główne płaszczyzny współpracy logopedy i fizjoterapeuty będą dotyczyć przede wszystkim pracy nad strukturą oraz funkcją poszczególnych składowych układu stomatognatycznego, mając na celu ich integrację.